《寄生前夜：第三次生日》游戏故事叙述在历经1997 年的曼哈顿岛封锁事件与2000 年的新线粒体生物事件后，以线粒体基因叛乱为开端的超常事件就此沉寂。不过在遥远的未来，却突然出现了爆发性繁殖的神秘噬人生物，在吃光了该时代的人类后，这些生物开始逆向穿越时空回到过去，在反覆如此的过程后，终于来到现代。